Một hội nghị hòa bình đã được Liên quân tổ chức trên vùng lãnh thổ Iraq bị chiếm đóng. Tại hội nghị, Iraq được phép sử dụng các máy bay trực thăng vũ trang trong phía biên giới lãnh thổ nước mình, bề ngoài là để vận chuyển các quan chức chính phủ do những thiệt hại đã phải hứng chịu của hệ thống vận chuyển công cộng. Một thời gian ngắn sau, những chiếc trực thăng đó - và đa số các lực lượng vũ trang Iraq - lại quay sang phục vụ mục tiêu chiến đấu chống lại cuộc nổi dậy của người Shiite ở phía nam. Tại phía bắc, các lãnh đạo người Kurd tin tưởng vào những lời tuyên bố của Hoa Kỳ rằng họ sẽ ủng hộ một cuộc nổi dậy và bắt đầu chiến đấu, với hy vọng thực hiện được một cuộc đảo chính. Tuy nhiên, khi những giúp đỡ của Mỹ còn chưa tới nơi, các tướng lĩnh Iraq còn trung thành đã đàn áp dã man quân đội người Kurd. Hàng triệu người Kurd đã phải chạy qua các vùng núi để đến những vùng người Kurd tại Thổ Nhĩ Kỳ và Iran. Những vụ xung đột đó sau này đã dẫn tới việc thành lập những vùng cấm bay ở cả phía bắc và phía nam Iraq. Tại Kuwait, gia đình Emir được tái lập và những kẻ bị cho là cộng tác với Iraq bị đàn áp. Cuối cùng, hơn 400.000 người đã bị trục xuất khỏi đất nước, gồm một số lượng lớn người Palestine (vì sự ủng hộ và hợp tác của họ với Saddam Hussein).

Có một số chỉ trích chính quyền Bush về quyết định của họ cho phép Saddam Hussein tiếp tục giữ quyền lực, chứ không tiếp tục tấn công chiếm Baghdad và sau đó lật đổ chính phủ của ông ta. Trong một cuốn sách viết chung năm 1998 tựa đề, "Một thế giới đã thay đổi" (A World Transformed), Bush và Brent Scowcroft đã đưa ra lý lẽ rằng một sự tấn công như vậy sẽ làm tan vỡ lực lượng Liên quân và sẽ gây ra nhiều tổn thất chính trị và nhân mạng không cần thiết đi cùng với nó.

Năm 1992, Ngoại trưởng Hoa Kỳ trong thời gian chiến tranh, Dick Cheney, cũng đưa ra quan điểm tương tự:

Thay vì tiếp tục can thiệp sâu thêm với lực lượng quân sự của mình, Hoa Kỳ đã hy vọng rằng Saddam sẽ bị lật đổ bởi một cuộc đảo chính từ bên trong. CIA đã sử dụng các mạng lưới của mình tại Iraq để tổ chức một cuộc nổi dậy, nhưng chính phủ Iraq đã đánh bại âm mưu đó.

Ngày 10 tháng 3 năm 1991, Chiến dịch bão táp sa mạc bắt đầu dời 540.000 quân Mỹ ra khỏi Vịnh Péc xích.